En la ausencia de Mons. Graciano, el Consejo de Consultores nombró Administrador Diocesano al Pbro. Miguel Ángel Montesinos, quien había sido el Vicario General durante el período episcopal del obispo saliente. Para cubrir la Sede Vacante fue nombrado cuarto Obispo de la Diócesis Mons. José Eduardo Álvarez Ramírez c.m, quien había sido Obispo auxiliar de San Salvador desde enero de 1966 y ejercía como Vicario Castrense desde marzo de 1968.
Mons. Álvarez nació en la ciudad de Berlín, departamento de Usulután el 27 de marzo de 1922. Siendo un niño de 11 años, ingresó al Seminario menor de la congregación misionera de San Vicente de Paúl, en la que posteriormente fue ordenado sacerdote y se desempeño años después como visitador de la misma congregación en la Provincia de Centroamérica y Panamá.
Su consagración episcopal como obispo auxiliar de San Salvador la recibió el 25 de enero de 1966 en la Catedral Metropolitana. Después de ejercer este cargo por tres años fue nombrado obsipo de San Miguel, diócesis de la que tomó posesión el 9 de diciembre de 1969, iniciando su ministerio episcopal con la grata ordenación del presbítero Gregorio Rosa Chávez, a quien siempre guardó un gran aprecio y respeto.
Era un Obispo muy recto y disciplinado que tenía una sola idea: servirle a Dios y la Iglesia sin apartarse de las tradiciones y la recta doctrina. Por eso su lema episcopal era “Disciplina Pacis”. Con gran espíritu misionero recorrió todas las comunidades de la Diócesis, incluso los cantones y caseríos, llevando a la predicación y los sacramentos, sobre todo la Confirmación. No era partidario de remover de su cargo a ningún sacerdote, excepto caso extraordinarios. A pesar de no existir un programa de pastoral vocacional surgieron en este período muchas vocaciones sacerdotales, las cuales eran consideradas por el obispo como frutos de la oración y como un don de Dios y de la Reina de la Paz, apoyando a los seminaristas en el aspecto espiritual y económico. Dedicó mucho tiempo a escuchar confesiones a dar dirección espiritual a los fieles en la Catedral.
Dirigió la Diócesis durante 27 años (al igual que Mons. Dueñas) con muchas dificultades por la falta de sacerdotes. Sin embargo, durante ese tiempo el proyecto de formación de El Castaño iniciado por su antecesor, siguió adelante bajo la dirección y el apoyo del Equipo misionero de Cleveland hasta el año de 1980. Tal trabajo pastoral se interrumpió por el clima de violencia y por la persecución en contra de la Iglesia por parte del gobierno en turno.
En este período hubo dos vicarios generales : Mons. Fausto Ventura Lazo y Mons. José Pérez García, de nacionalidad española. Al llegar a los 75 años de edad, con una salud muy deteriorada, el Papa Juan Pablo II nombró el 7 de febrero de 1977 a Mons. Romeo Tovar Astorga como Obispo Coadjuntor, quien hasta entonces se había desempeñado como obispo residencial de la Diócesis de Zacatecoluca.
Monseñor José Eduardo Álvare Ramírez c.m. falleció en San Salvador el 10 de octubre de 2000.
La labor pastoral de Monseñor Álvarez en sus 27 años de servicio a la diócesis se puede sintetizar en los siguientes aspectos : El decidido y generoso apoyo a las vocaciones sacerdotales, la confianza depositada en cada párroco para realizar con libertad sus propias iniciativas pastorales y el apoyo y acompañamiento a los movimientos y asociaciones, los cuales asumieron el papel protagónico en toda la diócesis. Por otra parte se destaca la continuidad del proyecto de formación pastoral de El Castaño dirigido por el Equipo Misionero de Cleveland.
