Mons. Juan Antonio Dueñas y Argumedo nació el 18 de enero de 1868 en San Juan Opico, La Libertad. Después de su ordenación sacerdotal obtuvo el doctorado en Derecho Canónico en Roma y a su regreso a El Salvador, desempeño los cargos de párroco y canónigo de la Catedral de San Salvador.
Fue nombrado Primer Obispo de San Miguel el 1 de agosto de 1913 por el Papa Benedicto XV y consagrado como tal el 29 de marzo de 1914, en la Catedral Metropolitana de San Salvador.
Antes de tomar posesión de la diócesis, escribió desde San Salvador su primer Carta Pastoral, fechada el 5 de abril de 1914, en la que expresa sus sentimientos de pastor y su asombro e impotencia ante tan grande misión. Por eso, “al inaugurar la ardua empresa y tan delicado cargo de la nueva grey que el supremo jerarca nos ha confiado, Nos volvemos nuestros ojos suplicantes al Corazón Eucaristíco del amado y bondadoso maestro Jesús, Divino Pastor de Pastores, a quien consagramos nuestro novel aprisco… Al pensar en el fiel cumplimiento de este trascendental y dedicado cuanto gravísimo cargo nuestro Episcopal, instintivamente volvemos nuestra mirada a vosotros, venerables sacerdotes que formáis, por divina disposición el clero secular y regular de la nueva diócesis. Se oprime el corazón al considerar que para casi cuatrocientes mil diocesanos a penas contamos con unos doce sacerdotes”. Es evidente que el mayor problema con el que se enfrentaría nuestro primer obispo sería el de la escasez de sacerdotes, además de la organización diocesana y la construcción de Catedral.
Nuestro primer obispo se instaló en una casa episcopal provisional, preparada previamente por los fieles de San Miguel, por instrucciones específicas del Arzobispo de San Salvador. Con su llegada a San Miguel se convirtió en Ciudad Episcopal. La Iglesia de San Francisco, que había servido desde 1862 como sede de la parroquia San Miguel Arcángel, subió al rango de Catedral Provisional y funcionó como tal hasta que se terminó la consturcción de la actual Catedral Basílica. Desde ese entonces los archivos parroquiales se trasladaron a la parroquia El Rosario, llamada por la misma razón Parroquia Central.
En el mes de abril de 1915 Mons. Dueñas recibió en esta diócesis a un sacerdote y periodista francés que había sido expulsado por el nuevo gobierno revolucionario de México. Se trataba del Pbro. Víctor Basilio Plantier, quien emprendió una gran obra social en la ciudad de San Miguel fundando algunos años desúes de su llegada el Asilo San Atnonio, la Escuela Santa Sofía, La Imprenta y periódico Chaparrastique y otras obras benéficas de gran importancia. Fue además uno de los más cercanos colaboradores de Mons. Dueñas, desempeñando los cargos de Secretario privado y Vicario General desde 1925 hasta 1926.
El 6 de enero de 1916, nuestro primer Obispo, escribió su quinta carta pastoral en la que publicó un “Edicto Episcopal” sobre la Organización de la Diócesis de San Miguel, en el cual decretó la formación de siete Vicarías Provinciales, “para la mejor vigilancia del clero parroquial y para la más fácil comunicación y ejecución de las disposiciones del gobierno eclesiástico”. Las Vicarías eran : Santísimo Sacramento, con sede en la Parroquia Central; Sagrada Corazón, con sede en Usulután; Inmaculada Concepción, con sede en la Unión; San Pedro, con sede en Alegría; San Juan Buatista, con sede en Jucuapa; San Joaquín, con sede en Cacaguatique, hoy Ciudad Barrios y San José, con sede en Gotera. En este mismo edicto se erigieron cuatro nuevas parroquias: Parroquia del Señor del Calvario, que comprendía el sector sur de la ciudad de San Miguel; Parroquia La Asunción de Jiquilisco, con sus filiales Puerto el Triunfo, San Agustín y Valle del Zapotal; Parroquia Pío X de Nueva Guadalupe, con sus filiales Lolotique y San Buenaaventura; y la Capilla Parroquial de Santa María de Guadalupe, con sede parroquial en la Iglesia de Guadalupe del Mineral del Hormiguero y sus filiales Comacarán y Uluazapa.
Monseñor Dueñas y Argumedo fomentó desde su llegada la devoción popular a la Patrona de San Miguel, iniciando las famosas “entradas”. Promovió también la Coronación de la Reina de la Paz, la cual fue declarada como tal por el Papa Benedicto XV y entronizada en una solemne celebración eucarística realizada el 21 de noviembre de 1921, frente a la Catedral en construcción.
Gestionó la llegada de muchas congregaciones misioneras y religiosas a la diócesis tales como : los Padres Redentoristas, que se dedicaron a la formación del Seminario y a las misiones populares; Los Padres Paulinos, que iban misionando de pueblo en pubelo; Los franciscanos españoles de la provincia de Murcia, que dieron atención pastoral a varias parroquías; los Padres Claretianos que colaboraron en la formación sacerdotal; los hermanos Maristas que desde entonces se dedicaron a la educación fundando el Instituto Católico de Oriente; las Hermanas de la Caridad, que se dedicaron a atender a los enfermos y ancianos; y las Hermanas Josefinas que se dedicaron a la educación. Además erigio nuevas parroquias y promovió la formación permanente del clero. Apoyó la formación de muchos sacerdotes, entre los cuales podemos mencionar al entonces seminarista Óscar Arnulfo Romero Galdámez, que posteriormente fue enviado a Roma para complementar sus estudios teológicos con otros compañeros, entre los cuales podemos mencionar a Mauro Yánez Acosta y Rafael Valladares Argumedo.
Realizó muchos eventos eclesiales de gran trascendencia como el Congreso Eucarístico (17-18 de noviembre de 1935) y la semana social del clero (18-21 de noviembre de 1928). Era un Obispo muy ilustrado y con enorme cuadal de iniciativas y proyectos pastorales; escribió 64 Cartas pastorales que se conservan en el archivo diocesano y documentó todas sus actividades pastorales. Trabajó durante 27 años como obsipo de esta diócesis, desempeñando al mismo tiempo los cargos de : Asistente al Sacro Solio Pontifico y Ministro plenipotenciario del Vaticano ante los gobiernos de Honduras y El Salvador. Además era Conde Palatino, escritor, poeta y políglota.
Murió en San Miguel el 4 de julio de 1941 y sus restos están sepultados en la cripta de Catedral de San Miguel.
La llegada de Mons. Juan Antonio Dueñas y Argumedo y el inicio de la Diócesis marcan una nueva etapa en la iglesia oriental de nuestro país. La presencia cercana del obispo con una personalidad de celoso pastor, maestro respetable, organizador, muy exigente con su clero, visionario y clarividente, provocó una profunda renovación de la vida de esta Iglesia particular. A partir de su llegada hay más presencia de los sacerdotes en las comunidades, se erigen nuevas parroquias y se gestionan más misioneros religiosos y religiosas.
Las mayordomías y cofradías que hasta entonces habían tenidos amplias facultades y beneficios, disminuyeron su liderazgo ante la figura y la autoridad del párroco, ya más cercano. Esta situación provocó algunos conflictos, pues el papel tradicional de los líderes laicos (mayordomos, sacristanes, rezadores, etc.) se debilitó y junto a ellos también la religiosidad popular; sobre todo en aquellos lugares donde el párroco con el afán de responder a las exigencias pastorales de la nueva diócesis, no valoró la cultura propia de cada pueblo y el aporte eclesial de los líderes religiosos nativos.
En este período se fortalece la organización diocesana y parroquial, se impulsa la formación sacerdotal y se inicia una gran labor social que aún persiste. Los esfuerzos pastorales están orientados a la celebración de los sacramentos, al fomento de la caridad y al mejoramiento de la infraestructura parroquial y diocesana.
