Ante la muerte de Mons. Dueñas el Consejo de Consultores eligió el 4 de junio de 1941 al Pbro. Daniel Ventura Cruz como Capitular de la Diócesis, quien se había desempeñado hasta entonces como Vicario General. Esté la administró hasta noviembre de 1942, fecha del nombramiento del segundo Obispo, Mons. Miguel Ángel Machado y Escobar.

Mons. Machado nació en Dulce Nombre de María, departamento de Chalatenango, el 29 de octubre de 1897. Su ordenación sacerdotal la recibió el 30 de enero de 1921. Posteriormente siendo párroco de Ilobasco fue nombrado Obispo de San Miguel por el Papa Pío XII, el 1 de octubre de 1942 y tomó posesión de la misma el 15 de noviembre del mismo año.

Datos biográficos y sucesos eclesiales relevantes

El año siguiente a su llegada renovó el consejo diocesano de consultores y seguidamente realizó una seria de cambios parroquiales. Se destaca el nombramiento del Pbro. Óscar Arnulfo Romero, quien había recibido su consagración sacerdotal en Roma el 3 de abril de 1942, como párroco de Anamorós, cargo qeu desempeño desde el 29 de febrero hasta el 26 de abril de 1944, fecha en la que fue trasladado a la ciudad de San Miguel para sumir el cargo de secretario episcopal y a la vez de párroco de la Parroquia Central. Este nuevo y muy apreciado sacerdote influyó grandemente en el ministerio episcopal de Mons. Machado y en toda la Diócesis, pues era muy entregado a sus labores pastorales, muy responsable, lúcido y de espiritualidad ejemplar.

El nuevo Obispo, con el afán de brindar un mejor servicio pastoral a la Diócesis, serigió muchas parroquias a lo largo de su gobierno episcopal y pudo proveer de sacerdotes a las parroquias más desatendidas. En esto se ayudó de algunos sacerdotes misioneros franciscanos de la provincia de Néneto, Italia, quienes habían llegado en 1953 y fueron enviados par atender las parroquias de Gotera, Osicala y Jocaitique, con sus iglesias filiales.

El 2 de diciembre de 1954 el Papa Pío XII erigió la Diócesis de Santiago de María, desmembrando de la Diócesis de San Miguel todas las parroquias que pertenecían al departamento de Usulután y la parte norte del departamento de San Miguel. Su primer obispo fue Mons. Dr. José Francisco Castro y Ramírez.

Durante del Congreso Eucarístico, realizado del 28 de abril al 12 de mayo de 1963, con el que se conmemoraban los primeros 50 años de erección de la Diócesis se erigieron cinco nuevas parroquias: San Nicolás Obispo, con sede en el Asilo San Antonio de San Miguel; San Rafael Arcángel, con sede en San Rafael Oriente; San Sebastián con sede en Guatajiagua; Nuestra Señora de El Tránsito, con ese en Cacaopera y Nuestra Señora de Guadalupe, con sede en Chirilagua. Todas fueron eregidas el 8 de mayo de 1963.

Mons. Machado continuó con entusiasmo la monumental obra de Catedral, impulsada de modo significativo por su antecesor. En este trabajo se destacó la labor de Mons. Basilio Plantier y del Padre Óscar Arnulfo Romero; sacerdotes muy queridos por el pueblo migueleño, quienes ejercían un amplio liderazgo tanto en el campo misionero como en los medios de comunicación social. Ambos organizaron diferentes actividades lucrativos en pro de Catedral y promovieron la devoción a la Reina de la Paz. Los trabajos finalizaron totalmente hasta el año 1962, cumpliéndose cien años de ardua labor constructiva.

Cabe destacar que Monseñor Machado participó en el Concilio Vaticano II durante el mes de septiembre de 1962. En septiembre de 1964, por iniciativa del obispo auxiliar de la Diócesis de Cleveland, Mons. Jhon Whelan, ante la escasez de clero expresada en una carta del Obispo de San Miguel, Mons. Miguel Ángel Machado; aquella Diócesis norteamericana envió una misión permanente integrada por equipos misioneros, para brindar atención pastoral a varias parroquias de esta diócesis y apoyar a la formación sacerdotal. El primer equipo misionero estuvo integrado por el Pbro. Dionisio Santamaría, el Pbro. Guillermo Guibons, el Pbro. Tomás Sebía, un equipo de religiosas, entre las cuales estaba la Madre Francisca Kern, y Rosa María Smith, laica que se destacó mucho por sus abdnegados servicios a los campesiones y a la promoción de la mujer. Este equipo misionero, motivado por las enseñanzas del Concilio Vaticano II, dio inicio a un proceso de formación integral dirigido a los agentes de pastoral, con una clara opción preferencial por los pobres; formación que fue y sigue siendo de trascendental importancia para nuestra diócesis que continúa nutriéndose de sus frutos. Las parroquias beneficiadas por este trabajo misionero fueron : Santa Rosa de Lima, Pasaquina, La Unión, Conchagua, Chirilagua, Intipucá y el Carmen. Este mismo equipo misionero fundó el Centro de Formación Pastoral Reina de la Paz, conocido popularmente como el Castaño. También fueron los fundadores de las primera Comunidades Eclesiales de Base en nuestro país. Esta misión se mantuvo de forma initerrumpida durante 43 años prestando diversos servicios pastorales a la diócesis. En ella participaron a lo largo de este tiempo tres señoritas laicas, 17 hermanas religiosas y 18 sacerdotes. El último de los sacerdotes diocesanos misioneros fue el Pbro. José Callahan quien desempeño varios servicios pastorales tales como : director del Centro Pastoral Reina de la Paz, tesorero de la diócesis y de la Coordinación Interparroquial de la Diócesis de San Miguel (COIDESAM), miembro del Consejo Prebisteral, párroco de las parroquias de Chirilagua y el Carmen. Fue el sacerdote que más tiempo compartió de su servicio pastoral en nuestra diócesis, dedicando más de doce años de abnegada labor a nuestras comunidades.

Monseñor Machado falleció en la residencia privada de su familia en San Luis Talpa el 3 de octubre de 1983 y fue sepultado en la cripta de Catedral Metropolitana de San Salvador. Se le recuerda como un Obispo muy humilde, amigable y cercanos a los fieles, con mucha tolerancia pastoral, permitiendo la ayuda y participación de los sacerdotes en la dirección pastoral de la Diócesis.

Notas Pastorales de este período episcopal

Con la llegada de Mons. Machado la Diócesis tomó un rumbo mas pastoral y menos administrativo; es decir, fue una Iglesia más sencilla, más tolerante y participativa. Pero se sentía el vacío del talante intelectual y académico de Mons. Dueñas. Tal vez fue la razón de que hayan cobrado liderazgo aquellos sacerdotes que habían estado muy cerca del primer obispo. Entre ellos podemos mencionar a Monseñor Basilio Plantier, quien había fundado muchas obras de beneficio social muy reconocidas en San Miguel y a los neosacerdotes Óscar Arnulfo Romero y Rafael Valladares, quienes se habían ganado el corazón de los fieles, tanto por su personalidad como por su actividad pastoral. Fueron ellos los que más ayudaron a Mons. Machado a darle el perfil humano y misionero a este período episcopal pues tuvieron al frente de los planes pastorales, iniciaron la evangelización a través de los medios de comunicación social (periódico e imprenta “Chaparrastique”, la revista mensual “El Mentor del Clero”, programas radiales y el misalito dominical “La Voz de las Campanas”), se realizaron muchas obras sociales a favor de los pobres, construyeron asilos, fundaron escuelas, apoyaron la llegada de nuevos movimientos eclesiales, fortalecieron la formación sacerdotal (Seminario), etc. La Diócesis se perfilaba como una gran institución evangelizadora y de promoción humana.